颜色不同
1黄肉的菠萝蜜有淡黄，黄，深黄之分，红肉菠萝蜜颜色有淡红，橘红，深红之分，这些颜色差异的形成受品种与熟度的影响，一般来说所有菠萝蜜未熟的时候，果肉颜色都是白色/米白色的，其颜色随着果实的熟度上升，慢慢变深。
对于红肉菠萝蜜其中的红，不是指真正的颜色的红，而是指靠近果核部分的果肉会呈现橘红色，而黄肉则整个果肉都是偏黄色的，并且目前市面上所做的红肉一般都是以淡红与橘红为主，很少全红，深红的，菠萝蜜红肉和黄肉比较一下颜色还是可以很明显看出区别的。
果型不同
2红肉的果形要偏圆润，饱满一点，果刺要疏松，大一点，果中等一般在5-15kg；黄色菠萝蜜果形相对红肉来说偏长形，且果刺密集且感观上较尖，果大一般单果重在10-20kg。
出果率不同
3红肉菠萝蜜由于果实比较圆润饱满，果肉较小块，果丝相对较少，出肉率一般40-50%左右，一般13斤的果子出果率高达7斤；一般黄肉的果肉较大块，但果丝较多，出肉率一般在30-40%左右，20斤的果子出果率在6斤左右。
甜度不同
4红肉菠萝蜜果肉呈橙红色，肉厚甜脆，香味比较浓郁，甜度高达25度左右；黄肉菠萝蜜果肉呈金黄色，甜度比红肉菠萝蜜清淡，果肉甜度只有17度左右。