12-13世纪乃是张仲景被圣化的开始阶段，不过当时他的地位尚未定于一尊，与明清以后医界王者地位仍有相当的距离。尽管如此，仲景在医界的圣化格局已初步奠定。而在此后的数百年中，似乎少有人在名号上进一步尊崇他，直到16世纪中期，才又兴起新一波的尊崇和圣化运动。
这新一波的运动肇端于李濂的《医史》（刊行于1546年）。李濂在《医史》中为张仲景立传，称张仲景为“医中亚圣”。随后，新安医家徐春圃在成书于1556年的《古今医统大全》中首次直接称其为“医圣”，其言：“张机，字仲景，南阳人，受业张伯祖，医学超群，举孝廉，官至长沙太守。……凡移治诸证如神，后人赖之为医圣。”紧接着，多部医书在叙述仲景时都出现了“后世称为医圣”的说法。
与此相伴随的，则是仲景在医界独尊地位逐步确立。这时人们在评论仲景时，也不再局限于伤寒学，而是认为就整个医界来说，他也具有无比崇高甚至独尊的地位。
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