首先要说的是，过滤棉清洗千万不要认为洗的越干净越好，而且不能硬搓。过滤棉是过滤器中物理过滤最密集的地方，也是硝化菌繁衍生长最密集的地方。所以建议过滤棉要少清洗，每次只清洗一半，下次再清洗另一半，清洗时要使用原缸的澄清水。不能使用清洗剂，更不能使用热水，这样会使硝化系统受到抑制或崩溃。
而且过滤棉最好不要经常换，那离也是硝化菌的家。可以根据情况要进行替换，使用过久积残物也会影响效率。建议你到滤棉实在不能在用（过滤效果明显不好）再换。还有活性炭会改变水的PH值，影响有益菌的生长，因此不到水有异味的情况下，最好不要用。
有个鱼友这样告诉我，他的棉是脏到溢水了，然后拿去用鱼缸内的原水换出来的一桶水随便的用手拧拧，冲冲表面的脏物就可以了。我认为这样很好，骑士只要把一些附着在滤棉上的鱼便清洗掉，然后增强其透水性就可以了。