1、科属不同：番鸭是鸭科栖鸭属，疣鼻栖鸭的驯化种，传入中国称为“番鸭”；而菜鸭则是鸭科鸭属绿头鸭的后代，也有部分斑嘴鸭的血统。
2、外观不同：番鸭体型大于鸭而小于鹅，体型前尖后窄，尾部瘦长；而菜鸭的臀部肥大，以至于走路都颤颤巍巍，整个身体更接近船形。
3、羽毛不同：番鸭羽毛颜色是白色、黑色和黑白花色三种，但有少数番鸭呈银灰色；菜鸭的羽毛颜色是白色、黄褐色、麻雀色等。
4、用途不同：番鸭不以产蛋见长，年产蛋量120-140枚左右；而菜鸭则高达260-280枚，是番鸭的二倍。番鸭以肉用、肝用为主，肉质鲜美而不腻；而菜鸭则蛋肉肝兼而有之，肉的脂肪含量高于番鸭。