1、模式不同：USB-FDD是模拟软盘模式；而USB-HDD是硬盘仿真模式。
2、兼容性不同：USB-FDD以前的机子没有光驱，也不支持USB-HDD。而USB-HDD此模式兼容性很高，但对于一些只支持USB-ZIP模式的电脑则无法启动。
3、启动盘符不同：USB-FDD模式会在命令行上显示盘符是A。而USB-HDD启动U盘后的盘符是C。
USB-HDD相关问题解决：
绝大多数主板都是支持USB-HDD启动的，不同主板BIOS选项迥异，最好能找到详细的主板说明书对照着进行设置。首先要开启USB启动设备支持，比如找到类似于USB Storage Legacy Support或USB Storage Function这样的选项并设置为Enabled。如果在启动类型中找不到USBHDD，将启动类型设置为HDD，然后在具体的启动设备列表（如Hard Disk Boot Priority）中找到移动硬盘，并设置为首选启动设备即可。