真菌感染通常基于感染的解剖部位和流行病学进行分类。按解剖学分类可分为浅部黏膜皮肤的真菌感染和深部器官的真菌感染；按流行病学分类可分为地方流行性真菌感染和机会性真菌感染。尽管黏膜皮肤真菌感染的发病率很高，但很少是致命性的。在很多情况下，深部真菌感染很严重，而且往往可以导致患者死亡。
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诊断
真菌感染的确诊需要感染部位的组织病理学依据而且伴随相应的炎症反应。由于曲霉菌在自然界的广泛存在，易于通过空气污染活检材料；在罕见但非常重要的情况下，曲霉菌可以在标本处理过程中发生污染而导致错误诊断；因此，明确是否伴随炎症反应在诊断曲霉菌感染时尤为重要。真菌的鉴别通常借助于过碘酸雪夫染色（PAS）和六铵银染色。与其他真菌不同，念珠菌通常可以在革兰染色的组织涂片中被发现，而HE染色不能鉴别念珠菌。脑脊液印度墨汁染色阳性可以确诊隐球菌感染，但现在大多数实验室都采用Calcofluor White荧光染色后应用荧光显微镜来确定体液标本中的真菌。
对深部真菌感染的诊断展开广泛研究催生了许多敏感性和特异性不同的检测方法，其中以粗球孢子菌抗体的检测（血清和脑脊液）、荚膜组织胞浆菌抗原的检测（尿、血清和脑脊液）以及隐球菌多聚糖抗原的检测（血清和脑脊液）等方法最为可靠。这些方法的特异性和敏感性通常在90%左右，然而由于存在着各实验室数据的不一致，多数情况下仅建议采用。在欧洲，检测半乳甘露聚糖已被广泛用于诊断曲霉菌感染，美国也于近期采用了该方法。
念珠菌是血培养最常发现的真菌。尽管现有的任何一种自动血培养系统都能发现念珠菌，但溶解离心沉淀技术提高了念珠菌及其他少见真菌（如荚膜组织胞浆菌）血培养的敏感性，若怀疑播散性真菌感染需采用该技术。
除球孢子菌病、隐球菌病以及组织胞浆菌病外，目前尚无十分有效和被普遍采用的血清学诊断技术用于播散性真菌感染的诊断。
治疗
由于真菌属真核细胞，其包含的大部分细胞器和人类细胞相同（许多甚至功能也相同），药物难以选择性杀伤或抑制真菌而不损伤人体细胞。因此，进入临床的抗真菌药远远少于抗细菌药。
1. 两性霉素B
两性霉素B（AmB）在20世纪50年代后期被引入临床，这是治疗深部真菌感染的革命性进展。在此之前，隐球菌脑膜炎和其他播散性真菌感染几乎都是致命性的。在此后的10年间，两性霉素B是治疗致命性真菌感染唯一有效的药物，但该药有严重的副作用包括肾脏损害、发热、寒战、恶心，而且无口服制剂。为了减轻肾毒性以及输注的副作用，开发了脂质体剂型的两性霉素B，并且差不多取代了去氧胆酸盐剂型的两性霉素B（尽管老剂型仍存在）。脂质体剂型包括脂质体两性霉素BL-AmB，3~5mg/（kg·d）]和两性霉素B脂质体复合体ABLC，5mg/（kg·d）]。第三种制剂为两性霉素B胶体分散剂ABCD，3~4mg/（kg·d）]，该剂型由于输注时出现的副作用较多而很少应用。
（上面列出的为成人侵袭性真菌感染的标准剂量）。
与去氧胆酸盐剂型的两性霉素B比较，脂质体剂型价格昂贵。各种剂型对特定临床真菌感染（如中枢神经系统感染）的功效、毒性以及益处都仍处于积累经验的阶段，这些药物在中枢神经系统的渗透性以及肾毒性方面是否存在有临床意义的显著性差异仍有争议。尽管存在上述争议而且价格昂贵，脂质体剂型两性霉素B在发达***更较为常用。而在发展中***，由于脂质体剂型的两性霉素B价格过于昂贵，选用去氧胆酸盐剂型更为常见。
2. 唑类
与两性霉素B相比有较多的优势：对肾功能影响小甚至无，有口服制剂。早期唑类药物包括酮康唑和咪康唑，现在都被其他新型唑类药物替代用于深部真菌感染的治疗。该类药物主要通过抑制真菌细胞壁的麦角固醇的合成而发挥作用。与作为真菌杀灭剂的两性霉素B不同，唑类药物属真菌抑制剂而非杀菌剂。
（1）氟康唑
氟康唑被发现后在各类严重真菌感染中发挥了重大作用，其最大优势在于有静脉和口服制剂、长半衰期、满意的体液浓度（包括泪液和脑脊液）以及低毒性（尤其与两性霉素B 比较）。副作用包括肝损害（通常可逆），高剂量时可出现秃顶、肌无力以及口干伴金属异味。氟康唑对曲霉菌、毛霉菌、尖端赛多孢子菌感染无效。对光滑念珠菌和克柔念珠菌的效果也不如新型唑类药物。
尽管容易复发，氟康唑仍可用作球孢子菌脑膜炎的治疗，氟康唑也可用于隐球菌脑膜炎的巩固和维持治疗。在治疗念珠菌血症方面，氟康唑的疗效与两性霉素B一样。氟康唑的有效性和相对低毒性以及对血源性念珠菌播散诊断的不足，导致念珠菌血症管理策略的改变。处理念珠菌血症比较谨慎的做法是应用一种抗真菌药物，拔除所有血管导管而不是可疑污染的导管，然后观察患者。念珠菌血症氟康唑的用量为400mg/d，直至最后一次血培养阳性后的2周。
氟康唑常用于骨髓移植和高感染风险肝脏移植患者的抗真菌预防用药，但白血病、低CD4+T细胞的AIDS患者以及SICU 患者是否需要预防用药目前尚有争议。
（2）伏立康唑
伏立康唑有静脉和口服制剂，与氟康唑比较，对念珠菌属的抗菌谱更广（包括光滑念珠菌和克柔念珠菌），而且对曲霉菌、足放线病菌属以及镰刀菌均有效，通常作为治疗曲霉菌感染的一线用药。一些病例报告报道了伏立康唑用于治疗球孢子菌病、芽生菌病以及组织胞浆菌病等。然而，由于资料有限，伏立康唑不推荐用于地方流行性真菌病。与氟康唑比较，伏立康唑易于干扰其他疾病用药；肝毒性、皮疹（包括光敏性）、视觉障碍也比较常见；而且比氟康唑昂贵。此外，伏立康唑用药者推荐皮肤癌监测。在一些特定的患者建议监测伏立康唑的药物浓度，这是因为：
①该药在肝脏中由CYP2C9、CYP3A4以及 CYP2C19完全代谢；
②人类CYP2C19基因易变性的存在。应根据患者的肝功能情况进行药物用量调整。肾功能不全通常不需要调整剂量，但由于该药静脉制剂含有环糊精，在严重肾衰竭患者仍需调整剂量。
（3）伊曲康唑
伊曲康唑有静脉和口服（胶囊和混悬液）制剂。和其他唑类药物比较，不同患者口服伊曲康唑血浓度波动较大。伊曲康唑用于轻中度组织胞浆菌病和芽生菌病，也用于慢性黏膜皮肤念珠菌病。FDA批准用于中性粒细胞减少伴发热的患者。伊曲康唑还可用于治疗球孢子菌病、分支孢菌病、尖端赛多孢子菌感染。伊曲康唑还可以治疗慢性黏膜皮肤真菌病包括口咽部念珠菌病（尤其AIDS患者）、花斑癣、头癣以及甲癣。伊曲康唑的缺点主要包括脑脊液透过性差、静脉制剂和口服制剂均含有环糊精、胶囊制剂吸收率的不一致以及胶囊制剂用于治疗播散性真菌时需监测血药浓度。有报道认为伊曲康唑可导致严重的充血性心力衰竭；伊曲康唑与其他唑类药物一样也具有肝毒性。
（4）泊沙康唑
FDA批准泊沙康唑作为感染曲霉菌和念珠菌高风险的严重免疫缺陷患者的预防用药。泊沙康唑还可用于咽部念珠菌病的治疗，其对接合菌病、镰刀菌病、曲菌病、隐球菌病以及其他形式的念珠菌感染的治疗作用也已被评估。泊沙康唑用于治疗接合菌病、镰刀菌病、曲菌病都是挽救性治疗，一项超过90个曾接受其他药物治疗的难治性接合菌病患者参与的临床试验得出了令人鼓舞的结果。目前尚无泊沙康唑治疗念珠菌血症的临床试验。也有一些病例报告报道了该药有治疗球孢子菌病和组织胞浆菌病的作用。对照临床试验肯定了泊沙康唑对急性白血病患者和接受骨髓移植的患者具有预防性治疗作用。另外，泊沙康唑对耐氟康唑的念珠菌仍然有效。
3. 棘白菌素类
棘白菌素类包括FDA批准的卡泊芬净、阿尼芬净以及米卡芬净，扩大了抗真菌药物的成员，这三种药物均能抑制β-1，3葡聚糖的合成。β-1，3葡聚糖在真菌细胞壁的合成是必须的，但不是人类细胞的组成。目前，尚无棘白菌素的口服制剂。棘白菌素类对念珠菌具有杀菌作用，对曲霉菌有抑菌作用。迄今，他们最大的用途是抗念珠菌感染，有两大优势：广谱（对所有念珠菌属有效）和相对小的毒副作用。所有棘白菌素类药物的最低抑菌浓度（MIC）都能高效杀灭近平滑念珠菌，但仍不明确MIC值的高低与其临床效果的好坏是否直接相关。棘白菌素类药物是最安全的抗真菌药物。
4. 氟胞嘧啶（5-氟胞嘧啶）
氟胞嘧啶作为新型抗真菌药得以开发时其临床应用正日益减少，它在真菌细胞内转化为对真菌有毒的5-氟尿嘧啶。由于易出现耐药性，故不单一用药，且几乎均与两性霉素B合用。5-氟尿嘧啶极易透过脑脊液，因此，常联合两性霉素B用于隐球菌脑膜炎的治疗。5-氟尿嘧啶也被推荐联合两性霉素B用于念珠菌脑膜炎的治疗，但目前尚缺乏单用两性霉素B的比较性临床试验。5-氟尿嘧啶和两性霉素B联用往往出现严重的骨髓抑制。
5. 灰黄霉素和特比萘芬
灰黄霉素主要用作癣的治疗，通常需要相对较长的疗程。特比萘芬主要用作甲真菌病和癣的治疗，其作用与伊曲康唑相仿而优于灰黄霉素。
6. 经典抗真菌药物
用于治疗皮肤真菌感染的药物很多，属于唑类的有克霉唑、益康唑、咪康唑、奥昔康唑、硫康唑、酮康唑、噻康唑、布康唑以及特康唑。总的来说，阴道念珠菌的治疗比较成功。鉴于各种阴道用药有效率差别不大，大多基于医师和（或）患者的喜好以及药房的备药情况选择药物。氟康唑的便利之处在于仅需每天口服150mg，避免反复静脉注射。制霉菌素是一种多烯烃，用于口咽部鹅口疮以及阴道念珠菌病。其他有效的制剂包括环匹酮胺、卤普罗近、特比萘芬、萘替芬、托萘酯以及十一炭烯酸等。