在大自然中，生命延续的策略并不是绝对的。有一些物种会本能地发生近亲交配，对于它们来说近亲繁殖未必是一种风险，反而是优秀的繁衍策略，可以对种群的基因库进行精雕细琢，而不是一味的扩大。
近亲繁殖的危害传统观念中，近亲结婚是不被认可的，而且《婚姻法》中也是明令禁止的。大多数动物也会演化出规避策略，例如：小雄狮子快成年时，无论多心疼，母狮都会把儿子驱赶出狮群，从而避免和它的姐妹发生关系。
一方面近亲繁殖会降低物种在环境中的适应能力。物种想要延续就需要创造出足够多的样本，为了能在不断变化的环境滤网下，留下足够多的火种。近亲繁殖相当于闭门造车，搞小团体，会大大减少种群中基因的组合，影响遗传多样性，最终使物种难以追上环境变化的步伐。
另一方面近亲繁殖会大大增加后代先天缺陷的概率。在人类和大多数生物中，孩子会从父亲那获得一套基因，也从母亲那获得一套基因，孩子的基因就是两套基因的组合。
如果父亲给的那套基因存在某种有害隐性基因（a），它会隐藏起来。但如果母亲给的那套也存在a，那么这个隐性基因就会表达出来，使后代出现先天缺陷（aa）。
假设家族中存在隐性基因a，那也不要紧，因此在几十亿人口的基数下，碰上携带相同（同源等位）有害隐性基因的概率极低，因此难以出现表达aa的情况。不过，由于a会在家族中一代代偷偷地传递下去，因此家族中携带a的概率很大，如果近亲进行通婚，后代凑成aa的概率会大大增加，意味着后代出现先天缺陷的概率大大增加，这就是近亲繁殖的最大危害。
历史上，欧洲皇室为了追求至纯的皇室血统，经常发生近亲通婚，大部分后代都受到隐性遗传病的困扰，有一些甚至因此灭族。例如：查理二世，一生都处于病痛之中，而且无法诞下后代，由于舌头太大，他会不停地流口水，而且几乎无法说话。
近亲繁殖的优势人类经常会让宠物进行回交，科学家也会使用杂交再回交的方法挽救濒危物种，这两件事性质不一样，但都是想要得到某种血统，或者说是为了延续某种独特的基因。
欧洲皇室的老祖宗有能力把江山打下来，意味着它们的基因更能适应于当下环境（称王）。欧洲皇室的旧观念认为近亲与自己的基因相似，与之交配可以将优秀的特质延续下去。只可惜它们不知道其中存在的隐性危害。不过，有些动物会本能地发生近交，而且能够规避所产生的风险。
擅长近亲繁殖的生物在自然界中，有些生物只需要一套基因就可以生存，称之为单倍体生物，单倍体是对付有害隐性基因的武器。很多动植物中都存在单倍体个体，例如膜翅目下的大多数昆虫，黄蜂，蜜蜂和蚂蚁等等。
一些黄蜂中，雌性会从父母那里各得到一套基因，而单倍体的雄性只会从母亲那里得到一套基因。
因为雄性只有一套基因，所以它会表达这套基因中的一切基因，包括隐性基因。如果这套基因中存在有害的隐性基因，那么在弱肉强食，没有人情味的动物世界中就很容易被淘汰掉，意味着有害的隐性基因很容易断掉传承。
在这种残酷的繁殖策略下，不良基因更容易被清洗掉，而不是像大部分生物存在模棱两可的情况将有害基因隐藏起来，更重要的是可以规避近亲繁殖的危害。
不可避免的近亲繁殖除了这些特殊的生物，近亲繁殖也在“正常”生物上也经常发生。人类拥有较高的灵智，可以通过道德等手段进行约束，而其他生物规避近交只是出于本能。很多情况下，这种本能也会丧失掉。例如：找不到除了近亲之外可以交配的伴侣，或者它们被局限在某些环境中。
东非属于热带草原气候，虽然在湿季雨水充沛，但1962年天上好似破开了一个口子，连天的暴雨淹没了四面都是高耸峭壁的恩戈罗恩戈罗火山口。这里原本是动物的天堂，生存着大量狮群。暴雨不仅仅冲垮了狮群，同时让它们的猎物大大减少，最终只剩下一头雄狮与九头雌狮，规避近交的本能就此打破。
繁殖的本能让狮子们之间的关系犹如乱麻，各种先天缺陷缠身，眼看着就要走向灭亡。直到人类出于不忍，给峭壁打开了一个口子，引入外来的狮子才终结了这场闹剧。
综上所述虽然近亲繁殖存在危害，遗传多样性可以使生物从容面对变化与灾难，但扩大基因库并非唯一的生存策略。生存并没有那么复杂，只要找对方法，对于一些生物来说，近亲繁殖未尝不可。