“内肾外肾学说”认为内肾主水，相当于西医解剖学中的泌尿系统；外肾主精，相当于西医解剖学中下丘脑—垂体—性腺轴系统和解剖学的外生殖器官。内、外肾在解剖上相互联系，生理、病理、治疗上相互关联，互相影响。男性外生殖器，包括阴茎和阴囊，内生殖器由睾丸、附睾、输精管、射精管、尿道生殖腺、生殖管道和附属腺体组成。
（一）阴茎
阴茎在古代医书中有多种称谓，如‘茎”“玉茎”“茎物”“溺茎”“阳物”“玉荚”“赤子”“势”“阳峰”“阴干”“阳”等，古人还称阴茎为“宗筋”，如《素问·痿论》：“阳明者，五脏六腑之海，主润宗筋”“入房太甚，宗筋弛纵”；《素问·厥论》：“前阴者，宗筋之所聚，太阴阳明之所合也”。有称阴茎为“精窍”或“精孔”者，指此为精液排出之窍道，如《寓意草》：“漏精，乃精窍之病。”；《灵枢·刺节真邪篇》曰：“茎垂者，身中之机，阴精之候，津液之道”的论述，古人已经认识到阴茎是男子性交器官，具有排精、排尿的双重功能。阴茎外表包着一层松而很薄的皮肤，有活动和伸展的范围，以适应性冲动时阴茎充血而勃起时的增粗增长现象。阴茎后部为阴茎的根部，中部为阴茎体，阴茎体前端的膨大部分为阴茎头（或称龟头）。在阴茎龟头下方与阴茎体之间附有一条相连的小系带称阴茎系带。阴茎体包括两个阴茎海绵体和一个尿道海绵体，后者包绕着一个细长的管道称尿道，它的内口通膀胱，外口在阴茎龟头上。射精管前列腺等，均出口在尿道。所以尿道有排尿和排精双重功能。
（二）阴囊
《肘后备急方》首载“阴囊”之名，也称“肾囊”“脬囊”或“睾囊”。《素问·热论》云：“厥阴脉循阴器而络于肝，故烦满而囊缩”“厥阴病衰，囊纵”。囊缩指阴囊挛缩，囊纵指阴囊松弛。《灵枢·刺节真邪》云：“茎垂者，身中之机。”这里的“垂”是指包括睾丸在内的阴囊组织。阴囊状似囊袋，悬垂于人体会阴之处，内盛睾丸等组织，由皮肤、纤维及肌肉组织构成的一个囊，是装睾丸的袋子。阴囊皮肤薄而软，敏感性很高。其外壁皮肤可随外界温度和体内温度变化而伸缩，以调节阴囊内温度，有利于精子的生成和贮存。阴囊由肌肉组成，肌肉属脾所主，故阴囊之病主要当从脾治，如《医林绳墨》：“阴囊之病，当从乎脾治。”但肝、肾二脏与阴囊的生理病理有密切关系，故其病还应考虑从肝、肾论治。
（三）睾丸
马王堆医书《五十二病方》中称睾丸为“卵”。其后亦沿用这一称谓，以“睾”“丸”、“阴卵”等名冠之。如《灵枢·邪气脏腑病形》、“小肠病者，小腹痛，腰背控睾而痛。”《灵枢·始终》：“厥阴终者……甚则舌卷卵上缩。”《素问·骨空论》：“腰痛不可以转摇，急引阴卵。”古人认识到睾丸与“肾脏”有密切联系，将睾丸称为“外肾”。如《奇效良方》：“癫病者，外肾坚肿。”即指睾丸坚硬肿大。意识到生殖之精是由“外肾”产生。至金元医家张子和创“睾丸”之名，其著《儒门事亲》说：“睾丸，囊中之丸。”睾丸位于阴囊之内，左右备一，状如雀卵，产生生殖之精，是男性生育的决定性因素之一。这与现代解剖生理学的认识相一致。睾丸是男性生殖的关键器官，由它产生精子和分泌雄性激素。睾丸呈卵圆形，位于阴囊内左右两侧，中间由阴囊分隔开。睾丸内含有生精小管，精子即在此产生。生精小管之间是睾丸间质细胞，产生雄激素之处。每个睾丸的上部附有附睾。附睾是精子发育、成熟和储存的地方。
（四）精室
精室作为男子藏精的部位，始见于《黄庭内景经·常念章》：“急守精室勿妄泄，闭而宝之可长活。”《云笈七签·诸家气法部·胎息根旨要诀》注曰：“精室，男子以藏精，女子以月水，此则长生气之根本也”，明确指出精室为藏精之处。相当于西医解剖学中的输精管壶腹部、精囊腺及前列腺三者所居之处。精室位于下焦，精室“居直肠之前、膀胱之后，当关元、气海之间”（《类经附翼》）。精室在形态上中空似腑，在功能上可化生和贮藏生殖之精而具备脏的功能，又能输送和排泄生殖之精而具有腑的特性。《医经精义》说：“精室，乃气血交会，化精成胎之所，最关紧要。”“男子藏精之所，尤为肾所司。”《医学衷中参西录》则认为精室为“生精之处”和“化精之所”。精室的生理特性是对精液的贮藏、溢泄，既非藏而不泻，也非泻不秘藏，而是在肾之秘固、肝之疏泄、心之主宰以及脾肺之升摄等脏腑功能的协同作用下，其开启与秘闭、满盈与溢泻维持于动态平衡。